2002 గుజరాత్ అల్లర్లపై నాటి నరేంద్ర మోడీప్రభుత్వానికి స్పెషల్ ఇన్వెస్టిగేషన్ టీం ఇచ్చిన క్లీన్‌చిట్‌ను సుప్రీంకోర్ట్ సమర్థించడం, ఆ మరుసటి రోజే రిటైర్డ్ డీజీపీ ఆర్‌బీ శ్రీకుమార్, ఉద్యమకారుడు తీస్తా సెతల్వాద్‌ల అరెస్ట్‌లపై కాంగ్రెస్ మౌనం వహించడాన్ని విజయన్ తప్పుబట్టారు. కాంగ్రెస్ పార్టీ ఏదో నామమాత్రపు నిరసన మాత్రమే చేసింది. భారీగా ఆందోళన చేయాల్సిన అవసరం ఉంది. కానీ కాంగ్రెస్ ఆ రీతిలో ఎందుకు ఆలోచించలేదని ఆయన ప్రశ్నించారు. 1975లో ఎమర్జెన్సీ ప్రకటించిన రోజు శ్రీకుమార్, తీస్తా సెతల్వాద్‌లను అరెస్ట్ చేశారు. దేశంలో బీజేపీ వ్యతిరేక శక్తులను భయపెట్టేందుకు చేసిన అరెస్టులుగానే వీటిని భావించాలని ఆయన అన్నారు. సంఘ్ పరివార్‌కు వ్యతిరేకంగా మాట్లాడితే ఫలితం ఇలాగే ఉంటుందని చెప్పదల్చారన్నారు. సంఘ్‌పరివార్ హెచ్చరిస్తే కాంగ్రెస్ నిశబ్ధాన్ని పాటిస్తోందని విమర్శించారు. బీజేపీకి భయపడి కాంగ్రెస్ మోకారిళ్లుతోందని ఘాటు వ్యాఖ్యలు చేశారు. ఇండియన్ యూనియన్ ముస్లిం లీగ్ సహా ఇతర పక్షాలు కాంగ్రెస్ వైఖరిని పరిగణలోకి తీసుకోవాలని విజయన్ సూచించారు. 2002 నాటి అల్లర్లలో నరేంద్ర మోడీ ప్రభుత్వంపై అభియోగాలు మోపిన శ్రీకుమార్, సెతల్వాడ్‌లపై కేంద్ర హోమంత్రి అమిత్ షా అనుమానం వ్యక్తం చేసినా కాంగ్రెస్ నోరు మెదపలేదని, జాగ్రత్తపడిందని పినరయి విజయన్ విమర్శించారు. 2002 నాటి అల్లర్ల సమస్యను కాంగ్రెస్ పార్టీ మరచిపోవాలనుకుంది. 2002 అల్లర్లలో చనిపోయిన ఎంపీ అహాషన్ జఫ్రీ(కాంగ్రెస్) భార్య జకియా జఫ్రీకి కాంగ్రెస్ పార్టీ ఎప్పుడైనా అండగా నిలిచిందా అని పినరయి విజయన్ ప్రశ్నించారు. జకియా జఫ్రీని కాంగ్రెస్ అధినేత్రి సోనియా గాంధీ ఎప్పుడైనా పరామర్శించారా అని నిలదీశారు. అల్లర్ల తర్వాత సోనియా గాంధీ గుజరాత్‌లో పర్యటించారు. కానీ జకియా జఫ్రీని సందర్శించవొద్దని కాంగ్రెస్ వర్గాలు సోనియాకు సూచించాయని ఆయన ఆరోపించారు.
